Cuộc họp diễn ra một ngày sau khi các tham mưu trưởng quân sự của Syria, Iraq và Iran gặp nhau tại Damascus để thảo luận về sự phối hợp giữa các lực lượng quân sự 3 bên.
Bộ Quốc phòng Nga cho biết trong chuyến thăm, ông Shoigu và ông Assad đã "thảo luận về các vấn đề liên quan đến chống khủng bố quốc tế cùng với các khía cạnh khác nhau của an ninh Trung Đông và giải quyết hậu xung đột".
Bộ cũng cho hay, các cuộc đàm phán còn tập trung vào các nỗ lực giúp người tị nạn Syria trở lại và vấn đề hỗ trợ nhân đạo.
Bộ trưởng Quốc phòng Nga đã đến thăm Damascus để gửi thư của Tổng thống Vladimir Putin tới ông Assad.
Trong cuộc họp, ông Assad cho biết sự phối hợp giữa Moscow và Damascus là nhân tố chủ chốt sau những thắng lợi đối với các nhóm khủng bố Nhà nước Hồi giáo tự xưng (IS) và Al-Qaeda, hãng tin SANA chính thức đưa tin.
Ông Shoigu cũng cho biết các quốc gia phương Tây đã tìm cách "cản trở những thay đổi tích cực ở Syria và tạo ra những trở ngại mới đối với việc chấm dứt khủng hoảng".
"Với sự hỗ trợ của Nga, Syria đã đạt được thành công đáng kể trong cuộc chiến chống khủng bố", ông nhấn mạnh.
"Chủ yếu là chúng tôi đã có thể cứu nhà nước Syria và tạo điều kiện cho sự trở lại của một cuộc sống hòa bình," ông nói thêm.
Xem thêm: Bí ẩn viên phi công cứu chuyến bay của Lion Air 1 ngày trước thảm kịch kinh hoàng