Năm 1606 ông được thăng làm Cấp sự trung, vâng lệnh sang sứ nhà Minh. Năm 1616, ông được đổi sang làm Đô ngự sử rồi thăng Tả thị lang bộ Lễ. Trịnh Tùng làm chúa, lấn át quyền hành của vua Lê Kính Tông. Vua Lê liên kết với con thứ của Trịnh Tùng là Trịnh Xuân để chống lại.
Năm 1619, Trịnh Xuân nhân danh giúp Lê Kính Tông, khởi binh chống lại Trịnh Tùng. Lúc đó Nguyễn Duy Thì cùng Nguyễn Danh Thế, Lê Bật Tứ đều khuyên Trịnh Tùng làm việc phế lập, với danh nghĩa theo gương phụ chính của Hoắc Quang nhà Hán phế Xương Ấp vương Lưu Hạ. Trịnh Tùng nghe theo, bèn bắt giết Lê Kính Tông và Trịnh Xuân, lập vua mới là Lê Thần Tông lên ngôi. Thời Lê Thần Tông, Nguyễn Duy Thì được đổi sang làm Tả thị lang Bộ Lại, tước hầu. Năm 1623 vì có công hộ giá vua và đi sứ nhà Minh, ông được phong làm Vận Dực tán trị công thần.
Năm 1626, ông được thăng làm Thượng thư Bộ Công, rồi Tuyền quận công, gia thăng làm Thiếu phó. Năm 1642, ông đổi sang làm Thượng thư bộ Binh, rồi gia thăng làm Tham tụng, Thượng thư Bộ Lại, giữ việc 6 Bộ kiêm Tế tửu Quốc Tử Giám, coi học viện Hàn lâm. Sau đó ông được thăng làm Thái phó, được mở phủ gọi là Bỉnh Quân.
Theo những tư liệu ông tìm thấy xưa kia, cụ Nguyễn Duy Thì đã ra tay cứu giúp, xin với vua Lê Trung Hưng để hai làng thoát khỏi án tru di. Sử sách ghi lại: Khi đó con cháu chúa nghênh ngang qua làng Thạch Đà (xã Thạch Đà, huyện Mê Linh, TP. Hà Nội) bị thanh niên làng đánh, chúng tức giận về tâu vua, nói rằng dân làng Thạch Đà âm mưu làm phản triều đình. Nghe thấy vậy vua lập tức hạ lệnh tru di cả làng.
Trước đại họa các bô lão trong làng Thạch Đà đến nhờ quan Thượng Láng Nguyễn Duy Thì cứu giúp. Lúc đó ông đi vắng ở phủ chỉ có thân mẫu ở nhà, thấy các cụ làng Thạch Đà khóc lóc van xin nên bà thương tình nhận lễ và hứa sẽ nói để con trai cứu giúp mọi người. Khi Nguyễn Duy Thì về, thân mẫu liền dọn mâm cơm lễ ra cho ông ăn. Ông đang ăn uống ngon lành thì bà mẹ mới kể đầu đuôi câu chuyện. Nguyễn Duy Thì liền bỏ mâm đứng dậy, cho người chuẩn bị hành lý về Kinh nói chuyện với vua. Khi ông đi ngang qua làng Thạch Đà thấy quân lính đang chuẩn bị thi hành lệnh vua, ông vội hét bảo bọn lính dừng tay và về triều vào cung gặp vua.
Sau đó, ông xin với vua về làng Thạch Đà điều tra lại sự việc, nếu thực sự dân làng nơi đây có ý mưu phản thì sẽ cho quân lính đến trừ khử sau cũng chưa muộn.
Nghe quan Thượng Láng nói có lý có tình, vua liền cho quân lính áp tải ông về làng Thạch Đà điều tra sự việc. Sau đó ông về báo cáo với vua rằng, đó chẳng qua là mâu thuẫn của mấy người cháu của vua với thanh niên làng Thạch Đà nên mới xảy ra xô xát giữa hai bên.
Tuyệt nhiên không có chuyện dân làng nơi đây làm phản. Sự việc được sáng tỏ, vua cho Nguyễn Duy Thì trở về làng Thạch Đà truyền lệnh xóa tội cho dân làng.
Luật nay: Các con cháu của vua đã phạm tội vu khống
Nhờ vào tài trí của Nguyễn Duy Thì mà sự việc đã được sáng tỏ. Có nghĩa là dân làng nơi đây không có chuyện làm phản. Nhưng sau vụ việc đó, các con cháu của vua đã không được nhắc đến để phạt vì tội nói sai sự thật. Theo pháp luật ngày nay thì hành vi đó được hiểu là hành vi vi phạm pháp luật. Và các đối tượng trên đã phạm vào Điều 122 BLHS tội vu khống.
Vì thù hằn cá nhân mà các con cháu của vua đã nói sai sự thật cho người dân hai làng. Điều đặc biệt là họ đã vu khống một tội đặc biệt nghiêm trọng: Tội phản quốc.
Theo đó, quy định tại Điều 122 BLHS: "Người nào bịa đặt, loan truyền những điều biết rõ là bịa đặt nhằm xúc phạm danh dự hoặc gây thiệt hại đến quyền, lợi ích hợp pháp của người khác hoặc bịa đặt là người khác phạm tội và tố cáo họ trước cơ quan có thẩm quyền, thì bị phạt cảnh cáo, cải tạo không giam giữ đến hai năm hoặc phạt tù từ ba tháng đến hai năm".
Trong trường hợp trên, thì các con cháu của vua đã phạm vào điểm 6 khoản 2: Vu khống người khác phạm tội rất nghiêm trọng hoặc đặc biệt nghiêm trọng. Hình phạt cao nhất là bảy năm tù. Ngoài ra, người phạm tội còn có thể bị phạt tiền từ một triệu đồng đến mười triệu đồng, cấm đảm nhiệm chức vụ, cấm hành nghề hoặc làm công việc nhất định từ một năm đến năm năm.
Tường Linh
