Theo thống kê của Cục Hàng không Việt Nam, ước tính sơ bộ, có tổng cộng khoảng 120 chuyến bay (khoảng 103 chuyến bay nội địa và 17 chuyến bay quốc tế) bị huỷ do ảnh hưởng của bão số 3.
Bão số 3 không gây ảnh hưởng về người, nhưng gây ra những thiệt hại về cơ sở vật chất tại một số sân bay.
Cụ thể, tại Cảng Hàng không quốc tế Vân Đồn bị đổ khoảng 50m hàng rào an ninh ngăn cách khu vực hạn chế, và đổ 200m hàng rào ranh giới cảng hàng không.
Tại nhà ga hành khách, một số tấm kính lớp trang trí bên ngoài bị rơi vỡ. Khoảng 20 tấm kính ở mái kính bên ngoài nhà ga phía cầu cạn bị rơi vỡ. Khu vực ga quốc tế lượng nước mưa tạt vào lớn khiến khu cách ly quốc tế tràn nước xuống các phòng thiết bị.
Đài Kiểm soát không lưu bị bung bật 7 tấm trang trí tại thân Đài, hàng rào bao quanh Đài bị nghiêng 2 đoạn (khoảng 7m) và 1 đoạn tiếp giáp sân đỗ máy bay bị đổ. Cổng an ninh số 1 và 2 cũng bị bật và nghiêng.
Tổng cộng khoảng 120 chuyến bay bị huỷ do ảnh hưởng của bão số 3.
Tại Cảng Hàng không quốc tế Cát Bi, lúc 16h ngày 7/9 bị mất điện lưới và cảng phải sử dụng máy phát điện. Ngoài ra, khoảng 2,5m hàng rào Đài kiểm soát không lưu bị đổ; đổ 1 cây tại khu vực nhà ga cũ.
Bên cạnh đó, mái tôn nhà xe nhân viên cạnh văn phòng Đại diện Cảng vụ bị bong 3 mảnh tôn, rơi vào mái phòng ngủ Trưởng Đại diện Cảng vụ gây thủng và dột. Một số tấm trần của nhà ga hàng hoá (nhà ga cũ) và phần bên nhà ga quốc tế bị bung ở phía trong, 1 cửa kính của sảnh đến quốc tế bị vỡ, mạng điện thoại bị gián đoạn liên tục.
Đối với Cảng Hàng không quốc tế Nội Bài dừng tiếp nhận tàu bay từ 10h-24h ngày 7/9, các trang thiết bị phương tiện mặt đất hoạt động bình thường, đảm bảo an toàn.
Cảng hàng không Thọ Xuân, Vinh, Đồng Hới cũng trong diện an toàn, các trang thiết bị, nhà cửa, khu bay hoạt động bình thường. Trong đó ở sân bay Vinh, các chuyến bay thực hiện đúng theo kế hoạch.
Tại Cảng Hàng không Điện Biên, trong ngày 7/9, có 2 lượt chuyến bay cất hạ cánh là VJ298 và VJ299. Chuyến bay VJ 299 cất cánh tại Điện Biên lúc 12h. Sau khi kết thúc hoạt động bay, Cảng hàng không Điện Biên đã triển khai chằng néo các trang thiết bị phục vụ mặt đất, đảm bảo an toàn khi có dông, lốc, mưa lớn xảy ra.
Trước đó, trong công tác chuẩn bị phòng chống, ứng phó bão số 3, các cảng hàng không trong khu vực ảnh hưởng của bão số 3 (Vân Đồn, Cát Bi, Nội Bài, Thọ Xuân, Vinh, Đồng Hới, Điện Biên) đã chủ động chằng, neo tàu bay, gia cố công trình, khơi thông hệ thống thoát nước.
Các cơ sơ khí tượng hàng không chủ động tập trung 100% nguồn lực theo dõi chặt chẽ tình hình diễn biến của bão số 3, kịp thời thông tin đến các cơ quan, đơn vị liên quan.
Các hãng hàng không cũng đã chủ động neo đậu tàu bay, điều tàu bay về các cảng hàng không không bị ảnh hưởng bão, cũng như điều chỉnh kế hoạch bay và thông báo thông tin chuyến bay đến hành khách.
