Theo thuyết phong thủy, chùa được xây dựng trên thế đất hình con rồng. Chùa quay mặt về hướng Nam. Phía trước chùa, bên trái là ngọn Long Đẩu, lưng chùa và bên phải dựa vào núi Sài Sơn. Chùa Thầy rộng 2.400m2, gồm ba tòa nhà chạy song song với nhau hình chữ tam, dựng trên nền cao bó đá hộc xanh, có hai dãy hành lang chạy kèm hai bên đầu hồi, với nghệ thuật kiến trúc, điêu khắc khá độc đáo mang phong cách kiến trúc nghệ thuật của thế kỷ XVIII.
Cảnh chùa Thầy
Trụ trì chùa, nhà sư Thích Đào Vĩnh cho biết, chùa được dựng ở mảnh đất hình rồng, theo những người am hiểu phong thủy. "Dáng long" ở chỗ núi Sài Sơn nơi mà chùa tựa vào là đuôi rồng, sân chùa là hàm trên, bờ hồ là hàm dưới con rồng. Giữa đình có cái ao nhỏ gọi là Thủy đình chính là viên ngọc rồng. Người xưa cũng quy ước rằng bên trong chùa có cầu Nhật Tiêu Kiều và Nguyệt Tiêu Kiều là nanh con rồng, hai bên có hai giếng là mắt rồng. Không gian chùa thoáng đãng, gồm có ba lớp chùa hạ, chùa trung, chùa thượng tạo thành đầu rồng, còn gác chuông, gác chống hai bên là tai rồng.
Qua cầu Nguyệt Tiên nối với con đường lên núi. Trên núi có chùa Cao, vốn là Hiển Thụy Am, còn có tên là Đỉnh Sơn tự, là nơi Thiền sư Từ Đạo Hạnh đến tu hành. Trên vách chùa còn khắc những bài thơ tức cảnh của nhiều tao nhân mặc khách như Trạng nguyên Nguyễn Trực, văn sĩ Nguyễn Thượng Hiền. Tương truyền rằng động Phật Tích ở sau chùa là nơi ngài Từ Đạo Hạnh thoát xác để đầu thai làm vua Lý Thần Tông (ở ngôi 1128- 1138), nên còn gọi là hang Thánh Hóa. Ngoài ra, quanh đỉnh núi còn rất nhiều quần thể kiến trúc Phật giáo và danh thắng được xây dựng trong những khoảng thời gian khác nhau, tạo nên vẻ đẹp huyền bí, thơ mộng, mà dân gian thường coi đây là nơi gặp gỡ giữa người và tiên.
Phía trên chùa Cao, trên đỉnh núi có một mặt bằng gọi là chợ Trời với nhiều tảng đá hình bàn ghế, kệ bày hàng, ly rượu,... Trong đó có một phiến đá nhẵn lì được gọi là bàn cờ tiên. Có lẽ nơi đây ngày xưa các vị tiên vẫn ngồi chơi cờ, uống rượu, thưởng trăng và ngâm thơ. Chợ Trời được dân gian coi là nơi gặp gỡ giữa người và tiên. Người ta chán cảnh mua danh bán lợi nơi trần thế, muốn tìm lên chợ Trời để tìm lấy sự công bình vì nghĩ rằng đã có "Cân giá Thiên bình", tức là cân Trời. Văn sĩ Hà thành từng coi nơi đây là điểm dừng chân hội ngộ, nơi lánh bụi trần ồn ào những danh và lợi.
Đất Phật, chợ Trời, nơi gặp gỡ giữa Tiên và Phật. Mới hay, các bậc tao nhân xưa chỉ lối dẫn đường, để đến ngày nay, du khách thập phương vẫn ao ước một lần được đặt chân đến chùa Thầy, để được chiêm ngưỡng những thành quả kỳ diệu của thiên nhiên để lại cho vùng đất linh thiêng hào hoa này. "Thấy non Sài Sơn có chợ Trời, phen này ta thử, thử lên chơi" như giục giã bước chân ai. Chùa 1000 năm tuổi - cái nôi của vị thiền sư "hóa Phật".
Không chỉ mang nhiều sự tích, màu sắc kì bí, chùa Thầy còn được biết đến với lối kiến trúc đặc sắc. Chùa được xây dựng theo lối kiến trúc "nội công ngoại quốc", bên hành lang phải là nơi thờ tượng Phật, bên trái là dãy tượng La Hán. Điểm đặc biệt trong Thượng điện của chùa thờ ba kiếp tu của thiền sư Từ Đạo Hạnh: Kiếp Tiên, kiếp làm Phật, kiếp làm vua.
Chùa Thầy còn lưu giữ được nhiều hiện vật quý giá khác nhau như hai vị tượng hộ pháp lớn nhất Việt Nam với chiều cao 4m, nặng 3 tấn làm từ đất sét và giấy bản đã hơn 400 năm tuổi, bức phù điêu Thập điện Diêm Vương nói về cảnh địa ngục, khuyên răn con người sống tốt nếu không sau này bị đẩy xuống địa ngục; bộ tượng di đà tam tôn, hay cây cột gỗ Ngọc Am có từ thế kỉ XI... Nhưng có giá trị nhất, được nhiều người biết đến chính là bệ đã kép "Bách hoa đài" với những nét điêu khắc tinh tế.
Thuận thanh