Tháng 10/2018, bộ GD&ĐT đã công bố dự thảo thông tư về Quy chế công tác học sinh, sinh viên đối với các ngành đào tạo giáo viên trình độ cao đẳng, trung cấp trong đó có nội dung sinh viên nếu hoạt động mại dâm đến lần thứ tư sẽ bị buộc thôi học. Nếu vi phạm lần đầu tiên trong cả khóa học, sinh viên bị khiển trách và lần thứ hai sẽ cảnh cáo, lần thứ ba đình chỉ có thời hạn. Sinh viên chứa chấp, môi giới mại dâm sẽ bị buộc thôi học ngay lần đầu tiên phát hiện vi phạm.
Ngay khi Dự thảo này được công bố, dư luận đã phản đối gay gắt vì cho rằng có nhiều nội dung không đúng mực. Sau đó, bộ GD&ĐT đã phải gỡ toàn bộ nội dung Dự thảo này trên Cổng thông tin điện tử của Bộ, đồng thời chính lãnh đạo Bộ khẳng định sẽ xem xét, xử lý trách nhiệm cá nhân trong ban soạn thảo có liên quan đến việc này.
Lãnh đạo Bộ đã ký quyết định thành lập 3 Hội đồng kỷ luật số 19, 20 và 21, ngày 16/01/2019 Hội đồng kỷ luật của Bộ đã họp và quyết định đề xuất xử lý kỷ luật các cán bộ có liên quan, trong đó có 1 cán bộ bị xử lý Cảnh cáo, 1 cán bộ bị xử lý Khiển trách và 1 cán bộ bị phê bình, kiểm điểm nghiêm khắc trước tập thể.
Theo nguồn tin riêng của báo Người Đưa Tin, trong số 3 người bị đề xuất xử lý kỷ luật có 1 Vụ phó vụ Giáo dục Chính trị và Công tác học sinh sinh viên. Ông này bị đề xuất xử lý bằng hình thức Cảnh cáo.
Đáng lưu ý, trong năm 2018 vừa qua, bộ GD&ĐT là đơn vị đã nhiều lần ban hành Dự thảo, Văn bản sai rồi sau đó phải rút.
Tiêu biểu trong số đó là một văn bản có sai phạm rất nghiêm trọng cả về thẩm quyền, cả về tổng chi phí tài chính thực hiện Đề án v.v., ban hành sau 1 tháng đã bị thu hồi, tuy nhiên tất cả những tập thể, cá nhân liên quan đến việc sai phạm này vẫn không bị xem xét xử lý trách nhiệm.
Cụ thể, đầu tháng 10/2018 Dự thảo Nghị định Xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực giáo dục cũng được bộ Giáo dục và Đào tạo dự thảo đưa lên Cổng thông tin điện tử của Bộ để xin ý kiến rộng rãi của công chúng cũng đã có nội dung chưa phù hợp, bị dư luận và các cơ quan báo chí phản ánh, ngay sau đó dự thảo này cũng đã được Bộ gỡ xuống để tiếp tục hoàn thiện. Tuy nhiên, lại không có cá nhân, đơn vị nào phải xem xét xử lý trách nhiệm tham mưu, quyết định đối với dự thảo này.
Đặc biệt hơn, ngày 17/4/2018 bộ Giáo dục và Đào tạo đã ban hành Quyết định số 1475/QĐ-BGDĐT về việc phê duyệt Đề án “Đổi mới thi THPT quốc gia và tuyển sinh đại học, cao đẳng sư phạm, trung cấp sư phạm hệ chính quy giai đoạn 2018-2020”. Ngay sau khi Quyết định được ký ban hành, các cơ quan thông tấn báo chí đã vào cuộc phản ánh về những sai phạm của Đề án: trong đó có sai phạm về thẩm quyền ban hành, sai phạm về vấn đề tài chính với tổng mức đầu tư lên đến hơn 749 tỷ đồng chi trong 3 năm. Sau khi báo chí phản ánh, lãnh đạo Bộ đã nhận có sai sót đối với việc phê duyệt đề án này và đã chỉ đạo thu hồi quyết định phê duyệt Đề án này và đã chỉ đạo ban hành Quyết định số 1907/QĐ-BGDĐT ngày 22.05.2018 thu hồi Quyết định số 1475/QĐ-BGDĐT ngày 17.4.2018 về việc phê duyệt Đề án “Đổi mới thi THPT quốc gia và tuyển sinh đại học, cao đẳng sư phạm, trung cấp sư phạm hệ chính quy giai đoạn 2018-2020”.
Công Luân