Giáo sư - Tiến sĩ Phạm Hồng Tung, Viện trưởng Viện Việt Nam học và Khoa học phát triển (Đại học Quốc gia Hà Nội) cho biết: "Khi thầy nhập viện, lãnh đạo bộ Y tế, cũng như lãnh đạo Bệnh viện Bạch Mai đã rất quan tâm, mời những giáo sư đầu ngành tập trung chẩn đoán, chữa trị cho thầy. Nhưng do tuổi cao sức yếu, thầy đã không qua khỏi".
Giáo sư - Tiến sĩ Phạm Hồng Tung cho biết thêm, đầu tháng Sáu, dù tuổi cao nhưng Giáo sư Phan Huy Lê vẫn tham gia đoàn ra Trường Sa. Ông là người cao tuổi nhất trong đoàn.
Khi về Hà Nội, sức khỏe ông vẫn bình thường. Nhưng mấy ngày sau gia đình thấy ông bị mệt, đưa ông vào Bệnh viện Bạch Mai.
Đội ngũ bác sĩ Bệnh viện Bạch Mai đã nỗ lực cứu chữa. Tuy nhiên, do tuổi cao sức yếu, cộng với việc trước đó Giáo sư Phan Huy Lê có tiền sử bệnh cao huyết áp, từng bị tai biến nên ông đã không qua khỏi.
GS. Phan Huy Lê sinh ngày 23/2/1934, tại làng Thu Hoạch, xã Thạch Châu, huyện Thạch Hà (nay là huyện Lộc Hà), tỉnh Hà Tĩnh.
Ông là hậu duệ đời thứ 14 của dòng họ Phan Huy vốn nổi danh về khoa bảng với những tên tuổi lớn như Phan Huy Cẩn, Phan Huy Ích, Phan Huy Thực, Phan Huy Vịnh, Phan Huy Chú…
Cụ thân sinh ra ông là Phan Huy Tùng, từng làm quan trong triều đình Huế.
GS. Phan Huy Lê được đánh giá là một trong những chuyên gia nghiên cứu lịch sử hàng đầu của Việt Nam.
Sau khi tốt nghiệp đại học, ông được giữ lại làm trợ lý tập sự tại khoa Lịch sử, Trường Đại học Tổng hợp Hà Nội (nay là Đại học Quốc gia Hà Nội), dưới sự dẫn dắt của GS Đào Duy Anh.
Chỉ hai năm sau, ông được giao nhiệm vụ làm Chủ nhiệm bộ môn Lịch sử Việt Nam Cổ - Trung đại và liên tục giữ trọng trách này hàng chục năm liền.
Ngoài việc giảng dạy trong nước, ông còn tham gia giảng dạy cho nhiều trường đại học trên thế giới như Đại học Paris (Pháp), Đại học Amsterdam (Hà Lan)...
Ông liên tục là Chủ tịch Hội Khoa học Lịch sử Việt Nam Khóa II (1990–1995), khóa III (1995–2000), khóa IV (2000–2005, khóa V (2005–2010) và khóa VI (2010-2015) và là Chủ tịch danh dự khóa VII (2015 – 2020).
Ngoài ra, ông còn là Ủy viên của nhiều Hội đồng Quốc gia như Hội đồng Quốc gia chỉ đạo biên soạn Từ điển Bách khoa, Hội đồng Chính sách Khoa học và Công nghệ Quốc gia, Hội đồng Lý luận Trung ương, Hội đồng Khoa học và Đào tạo Đại học Quốc gia Hà Nội, Hội đồng Học hàm Nhà nước, Hội đồng Di sản Văn hóa Quốc gia...
GS Pham Huy Lê là tác giả của hàng trăm công trình nghiên cứu có giá trị về lịch sử, trong đó có những công trình nổi bật như: Chế độ ruộng đất và kinh tế nông nghiệp thời Lê Sơ, Lịch sử chế độ phong kiến Việt Nam, Khởi nghĩa Lam Sơn, Phong trào nông dân Tây Sơn, Lịch sử và văn hoá Việt Nam, Các giá trị truyền thống và con người Việt Nam hiện nay, Tìm về cội nguồn, Lịch sử Thăng Long – Hà Nội…
Ông được Nhà nước phong hàm giáo sư đợt đầu tiên (năm 1980); danh hiệu Nhà giáo Nhân dân (năm 1994); Giải thưởng Nhà nước (năm 2000).
GS. Phan Huy Lê cũng là người Việt Nam đầu tiên được Nhật Bản trao tặng Giải thưởng quốc tế văn hóa châu Á Fukuoka (năm 1996).
Năm 2000, ông đã được trao giải thưởng Nhà nước về khoa học - công nghệ với tác phẩm “Tìm về cội nguồn”.
Năm 2002, ông được Chính phủ Pháp trao tặng Huân chương Cành cọ Hàn lâm.
Năm 2011, ông được Báo Thể thao Văn hóa trao tặng giải thưởng Bùi Xuân Phái - Vì tình yêu Hà Nội.
Tháng 5/2011, ông được bầu làm Thông tín viên ngoại quốc của Viện Hàn lâm Văn khắc và Mỹ văn Pháp.
Năm 2014, ông được nhận Giải thưởng danh dự Pháp ngữ năm 2014 (Prix d’honneur de la Francophonie 2014) do nhóm các Đại sứ quán, phái đoàn và tổ chức Pháp ngữ tại Hà Nội (GADIF) trao tặng.
Năm 2016, ông được Viện Viễn Đông Bác cổ (Pháp) trao bằng Tiến sĩ danh dự.
Đặc biệt, năm 2016, GS. Phan Huy Lê được trao tặng Giải thưởng Hồ Chí Minh về khoa học cho công trình Lịch sử và Văn hóa Việt Nam - Tiếp cận bộ phận.