Tương truyền, trại do một người quê ở Thanh Hóa, làm quan ở Thăng Long lập nên. Ban đầu, dân cư tập trung ở phía Bắc gọi là xóm Trại. Về sau có thêm xóm Miếu ở mạn Nam. Cuối thế kỷ 17, sự phát triển của trại Quỳnh Lôi gắn liền với tên tuổi, công lao của tiến sĩ Ngô Sách Tuân (1648 - 1696). Khi đó, Ngô Sách Tuân cùng vợ là bà Trịnh Thị Ngọc Liễn sống tại Quỳnh Lôi đã bỏ tiền bổng lộc để giúp đỡ những người nghèo khó, cho dân ấp tiền để dựng đình, lại răn dạy các quan lại dưới quyền không được nhũng nhiễu dân chúng, nên được dân ấp kính trọng, tôn làm Thái Ông và bầu làm Trùm trưởng của ấp, vợ ông làm Thái Bà.
Việc này được ghi rõ trong bia Tân tạo Quỳnh Lôi đình do Thám hoa Vũ Thạnh soạn vào mùa Đông năm Nhâm Thân niên hiệu Chính Hòa (1692), hiện lưu tại trường Tiểu học của phường. Văn bia ghi rõ, Ngô Sách Tuân “là người nổi danh hiền sĩ, vỗ về dân thể theo điều thánh hoá, tiếng tăm rộng lớn, yêu mến dài lâu”. Rất tiếc, ngôi đình to đẹp nay không còn, khu vực đình hiện nay được dùng làm trường tiểu học.
Dân làng Quỳnh Lôi từ xưa sống bằng nghề làm nông nghiệp, trồng các loại rau và hoa phục vụ dân nội thành, kết hợp với buôn bán ở chợ Mơ và các chợ trong vùng. Sau khi chính quyền Pháp thành lập khu ngoại ô năm 1899 thì Quỳnh Lôi trở thành làng ngoại ô. Năm 1915, Quỳnh Lôi lại thuộc huyện Hoàn Long của tỉnh Hà Đông. Tháng 8/1942, lại sáp nhập vào Hà Nội và Quỳnh Lôi trở thành một đơn vị hành chính của khu vực này. Dân làng có thêm nghề đạp xích lô và khuân vác.
Một số trở thành công nhân cho các nhà máy, xí nghiệp hoặc viên chức Nhà nước. Do điều kiện kinh tế khó khăn nên mặc dù ở sát nội thành, làng có ít người học hành đỗ đạt. Thời Nguyễn chỉ có 2 người đỗ cử nhân là Nguyễn Văn Nho (đỗ khoa Đinh Mùi đời Thiệu Trị năm 1847) và Nguyễn Văn Huy (đỗ khoa ất Mão đời Tự Đức năm 1855). Cách mạng Tháng Tám thành công, làng Quỳnh Lôi nhập với làng Mai Động thành xã Quỳnh Mai. Từ năm 1981, các tiểu khu nay được chuyển thành 3 phường: Quỳnh Lôi, Quỳnh Mai và Minh Khai thuộc quận Hai Bà Trưng.
Theo truyền thuyết, sau khi lập làng Quỳnh Lôi, nhân dân đã dựng chùa thờ Phật. Đình và chùa cũng ra đời và đều mang tên Quỳnh Lôi. Chùa Quỳnh có tên chữ là Khánh Long tự, có nghĩa là rồng vui mừng tụ hội. Chùa làng Quỳnh ra đời từ rất sớm, có thể từ thời Trần. Đến đầu thời Lê, niên hiệu Hoàng Định 6 (1604), chùa có đợt trùng tu lớn được ghi trên văn bia “Trùng tu Long Khánh tự bia” do Phùng Khắc Khoan soạn. Đầu thế kỷ 20, chùa bị cháy, sư tổ và nhân dân đã khuyến giáo xây dựng lại theo vẻ cổ kính xưa.
Trong giai đoạn từ 1930 đến 1945, Quỳnh Lôi có nhiều gia đình là cơ sở cách mạng, nuôi giấu cán bộ, nơi hội họp của xứ ủy Bắc Kỳ. Một trong những địa điểm hoạt động và nuôi giấu cơ sở cách mạng nằm trong khuôn viên di tích chùa Quỳnh. Bệ thờ là nơi cất giấu tài liệu, vườn tháp có hầm bí mật nuôi giấu cán bộ cách mạng. Để ghi nhận công lao của chùa và dân Quỳnh Lôi với cách mạng, năm 2018, Hà Nội đã đặt tên phố là phố Chùa Quỳnh.
N.N.T
