Theo thông tin chính thức từ Bộ Công an, ngày 24/10/2019, Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an đã ra Quyết định khởi tố bị can, Lệnh khám xét 9 bị can; ra Lệnh bắt tạm giam 6 bị can, gồm: Dương Tuấn Minh, nguyên Tổng Giám đốc; Dương Thị Trâm Anh, nguyên Phó Tổng Giám đốc và Nguyễn Thu Trang, nguyên Phó Phòng Đầu tư và Quản lý đấu thầu Tổng Công ty Cửu Long về tội Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát, lãng phí theo khoản 3 Điều 219 Bộ luật Hình sự 2015;
Ba bị can Tạ Đức Minh, Phạm Tấn Hoàng và Đinh Thị Chung, nhân viên Công ty cổ phần Tập đoàn Yên Khánh bị khởi tố về tội Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng theo khoản 3 Điều 221 Bộ luật Hình sự 2015.
Cùng với đó, cơ quan CSĐT cũng ra Lệnh tạm giam 3 bị can, gồm: Đinh Ngọc Hệ, tức "Út trọc", nguyên Chủ tịch Hội đồng quản trị, nguyên tổng giám đốc Công ty Thái Sơn; Phạm Văn Diệt, Giám đốc điều hành và Vũ Thị Hoan, Tổng Giám đốc Công ty cổ phần Tập đoàn Yên Khánh về tội Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng theo khoản 3 Điều 221 Bộ luật Hình sự 2015 (hiện 3 bị can đang bị tạm giam trong vụ án khác).
Trước đó, ngày 26/12/2018, C03 đã bắt giam 5 cán bộ tại Công ty Cổ phần tập đoàn Yên Khánh với cáo buộc sử dụng phần mềm điện tử để giấu tiền thu phí tuyến cao tốc TP HCM - Trung Lương, trốn thuế, gây thất thu cho ngân sách. Cơ quan điều tra xác định, ông Đinh Ngọc Hệ làm chủ Công ty Công ty cổ phần Tập đoàn Yên Khánh nhưng doanh nghiệp này không có vốn, không có cơ cấu tổ chức, nhân lực...; lập ra chỉ để ký hợp đồng liên doanh phục vụ cho mục đích cá nhân, kiếm lời.
Tháng 11/2018, ông Hệ bị TAND quân sự trung ương tuyên 12 năm tù về tội Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ và Sử dụng giấy tờ giả của cơ quan tổ chức.
Tuyến cao tốc TP.HCM - Trung Lương dài 62 km, thi công từ năm 2004 và đưa vào sử dụng năm 2010, đến năm 2012 thì bắt đầu thu phí để hoàn vốn khoản 9.880 tỷ đồng Nhà nước đã ứng trước.
Để ngân sách có ngay ngân sách đầu tư phát triển tiếp cho các dự án xây dựng khác, từ đề xuất của chủ đầu tư dự án là Ban quản lý dự án Mỹ Thuận (nay là Tổng công ty đầu tư phát triển và quản lý hạ tầng giao thông Cửu Long), Chính phủ đồng ý chấp thuận cho chủ đầu tư mở thầu đấu giá thu phí tuyến đường cao tốc này.
Công ty cổ phần Tập đoàn Yên Khánh sau đó đã trúng đấu giá 2.004 tỷ đồng và được quyền thu phí từ 1/1/2014 đến 31/12/2018. Theo hợp đồng, Tập đoàn Yên Khánh phải thanh toán 2.004 tỷ đồng trong 3 đợt (trước tháng 11/2014). Tuy nhiên, phải sau 15 đợt và kết thúc đợt cuối vào ngày 31/3/2017, Công ty Yên Khánh mới hoàn tất việc thanh toán.
Từ 1/1/2019, Tổng cục Đường bộ Việt Nam đã tiếp nhận và giao lại Cục Quản lý đường bộ 4 quản lý tuyến cao tốc này.
Lê Lan