Ngôi miếu này không chỉ có vị trí độc nhất TP.HCM mà còn có kiến trúc hết sức độc đáo. Cụ thể các mảng tường, cột, trần... của ngôi miếu đều được chạm, khắc tinh xảo và ốp sành sứ với nhiều màu sắc bắt mắt, ấn tượng.
Ông Lục Câu, Trưởng ban Quản lý miếu cho biết, công trình đã được công nhận là di tích kiến trúc nghệ thuật cấp thành phố vào năm 2010.
Theo lịch sử ở miếu Bà, vào thế kỷ 18, trên dòng sông Bến Cát (thuộc xã Hạnh Thông, tổng Bình Trị Thượng, huyện Gò Vấp, tỉnh Gia Định - quận Gò Vấp, TP.HCM ngày nay) có một người đàn ông chuyên sống nghề chài lưới ở khu vực này.
Vào một ngày mùa đông rét buốt, ông quăng lưới nhưng không bắt được một con cá nào. Ngược lại, ông đã vớt được pho tượng vô giá, đó là bà Thủy Tề. Ông là người đầu tiên xây dựng ngôi miếu và an vị cho bà.
Thời gian trôi qua, ông mất đi để lại trong dân gian niềm thương nhớ vô cùng. Do đó, những người trong hội đồng của miếu đã nhất trí lấy danh Miếu Ông Chài và vẫn còn lưu truyền ca tụng mãi cho đến ngày nay. Đến năm 1954, hòa bình lập lại, miếu được đổi tên là Sa Tân miếu Kỳ thành Thủy Long Cung.
Tuy nhiên, cũng có giai thoại đồn rằng, người đàn ông chài lưới đã vớt được xác một phụ nữ trôi sông. Sau đó, ông đưa thi thể này lên cù lao (nơi đặt miếu ngày nay) chôn cất cẩn thận và lập miếu để thờ oan hồn. Từ đó, cuộc sống của ông ngày càng tốt đẹp hơn, công việc làm ăn khấm khá hơn. Dần dần, các chủ ghe, thuyền đi ngang đều ghé để thắp nhang cầu phúc, may mắn, bình an trên sông nước. Và rồi, người dân cứ thế tìm đến.
Hiện nay, ngoài thờ bà Thủy Tề, miếu còn thờ Ngũ hành, Long Mẫu Đại thánh gia gia (Tôn Ngộ Không), ngũ hổ... Như vậy, ngôi miếu này thờ bà (chính). Nhưng người dân vẫn nhớ đến ông lão chài lưới có công xây dựng miếu.
Ngôi miếu mang kiến trúc văn hóa Việt – Hoa.
Đến ngôi miếu độc đáo này, du khách cũng được chiêm ngưỡng hơn 100 con rồng lớn nhỏ. Đặc biệt trước cổng vào có những con rồng lớn rất đẹp.
Hiện nay, đang có hàng trăm du khách trong và ngoài nước đến thăm viếng miếu, đặc biệt là trong những ngày đầu năm mới.