Nhiều bất cập về cơ chế, chính sách và công tác quản lý
Triển khai kế hoạch kiểm toán năm 2025, Kiểm toán Nhà nước đã thực hiện kiểm toán chuyên đề về việc thực hiện các chính sách ưu đãi đầu tư tại khu kinh tế, khu công nghiệp (KKT, KCN) trong giai đoạn 2022–2024 tại Bộ Tài chính cùng các địa phương: Quảng Ninh, Bình Thuận, Hà Tĩnh, Thanh Hóa, Đồng Nai, Bắc Ninh, Hà Nội và Quảng Bình.
Kết quả cho thấy, những năm qua, trên cơ sở kế thừa và tiếp tục hoàn thiện các chủ trương, cơ chế, chính sách của Nhà nước, hệ thống KKT, KCN trên cả nước đã đóng góp đáng kể vào quá trình phát triển kinh tế - xã hội của các địa phương và của cả nước.
Ngoài ra, các KKT, KCN cũng đóng góp đáng kể vào nguồn thu ngân sách nhà nước của các địa phương, đặc biệt tại những tỉnh, thành có nhiều KCN phát triển như: Bắc Ninh, Đồng Nai, Hà Nội hay Quảng Ninh...

Các KKT, KCN đã đóng góp đáng kể vào quá trình phát triển kinh tế - xã hội của các địa phương và của cả nước.
Tuy nhiên, bên cạnh những kết quả tích cực, Kiểm toán Nhà nước cũng chỉ ra nhiều tồn tại, bất cập cả về cơ chế chính sách lẫn công tác tổ chức thực hiện tại các bộ, ngành và địa phương.
Một trong những vấn đề nổi bật được chỉ ra là những bất cập trong hệ thống cơ chế, chính sách liên quan đến đầu tư tại KKT, KCN.
Theo đó, quy định của Luật Đầu tư năm 2020 về thủ tục cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư vẫn còn những điểm chưa hợp lý. Đối với nhiều dự án đầu tư nước ngoài, dù đã được Quốc hội, Thủ tướng Chính phủ hoặc UBND cấp tỉnh chấp thuận chủ trương đầu tư, nhà đầu tư vẫn phải tiếp tục thực hiện thủ tục cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư. Điều này dẫn đến tình trạng trùng lặp hồ sơ, giấy tờ trong khi nội dung dự án không thay đổi, làm kéo dài thời gian xử lý thủ tục hành chính và gây khó khăn cho nhà đầu tư.
Bên cạnh đó, quy định về việc lưu trú của chuyên gia, lao động nước ngoài trong KCN cũng tồn tại sự thiếu thống nhất giữa các văn bản pháp luật. Trước đây, một số nghị định cho phép chuyên gia, nhà quản lý nước ngoài được lưu trú tại doanh nghiệp trong KCN, nhưng quy định mới tại Nghị định 35/2022 lại chỉ cho phép lưu trú tại các cơ sở lưu trú thuộc đất dịch vụ của KCN và chưa có quy định chuyển tiếp rõ ràng, gây lúng túng trong quá trình thực hiện.
Một số bất cập cũng được phát hiện trong chính sách ưu đãi thuế. Chẳng hạn, quy định về ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp đối với hoạt động trồng trọt, chăn nuôi và chế biến nông sản ở những địa bàn không thuộc vùng khó khăn chỉ nêu mức thuế suất 15% nhưng chưa quy định rõ thời gian áp dụng.
Ngoài ra, pháp luật hiện hành cũng chưa có hướng dẫn cụ thể về cách xác định mức ưu đãi thuế đối với các dự án đầu tư nằm trong khu công nghiệp có vị trí trải trên cả địa bàn thuận lợi và địa bàn khó khăn. Sự thiếu thống nhất giữa các quy định về ưu đãi đầu tư và các văn bản hướng dẫn của ngành thuế đã khiến nhiều doanh nghiệp và cơ quan thuế địa phương gặp khó khăn trong quá trình áp dụng.
Công tác tổ chức quản lý tại các KCN cũng bộc lộ nhiều hạn chế. Theo kết quả kiểm toán, mô hình "một cửa, tại chỗ" tại một số địa phương chưa được thực hiện đầy đủ do nhiều thủ tục hành chính vẫn do các sở, ngành khác đảm nhiệm, thay vì được ủy quyền cho Ban quản lý các khu công nghiệp. Điều này khiến doanh nghiệp phải thực hiện thủ tục tại nhiều cơ quan khác nhau, làm tăng chi phí và thời gian thực hiện.
Đáng chú ý, một số nhiệm vụ quản lý nhà nước như cấp giấy phép môi trường, lập quy hoạch phân khu hay quy hoạch chi tiết hiện vẫn thuộc thẩm quyền của cơ quan cấp tỉnh hoặc cấp huyện mà chưa có cơ chế ủy quyền cho Ban quản lý KCN. Đồng thời, Ban quản lý các KCN cũng chưa có chức năng thanh tra và xử lý vi phạm, dẫn đến khó khăn trong công tác giám sát hoạt động của doanh nghiệp trong khu.
Thu hút đầu tư còn dàn trải, hiệu quả sử dụng đất chưa cao
Bên cạnh những bất cập về cơ chế chính sách, kết quả kiểm toán cũng cho thấy việc thu hút và phát triển các KKT, KCN tại nhiều địa phương còn thiếu định hướng rõ ràng.
Theo Kiểm toán Nhà nước, hệ thống chính sách ưu đãi đầu tư hiện nay vẫn còn khá dàn trải, chưa thực sự tạo động lực để định hướng dòng vốn đầu tư vào các lĩnh vực có giá trị gia tăng cao, công nghệ hiện đại hoặc có tác động lan tỏa mạnh mẽ đối với nền kinh tế. Phần lớn các chính sách ưu đãi vẫn tập trung vào các yếu tố đầu vào như vốn đầu tư hay số lượng lao động sử dụng, trong khi chưa chú trọng đúng mức đến yếu tố công nghệ, đổi mới sáng tạo và hiệu quả đầu ra của dự án.
Thực tế cho thấy trong giai đoạn 2022–2024, trong tổng số 73 KCN được chấp thuận chủ trương đầu tư trên cả nước, chỉ có 7 khu nằm tại địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội đặc biệt khó khăn và 23 khu nằm tại địa bàn khó khăn. Điều này cho thấy chính sách ưu đãi hiện hành chưa thực sự tạo động lực mạnh mẽ để thu hút đầu tư vào những khu vực còn nhiều khó khăn.

Cơ chế khuyến khích đầu tư xây dựng nhà ở, công trình văn hóa, thể thao, cơ sở giáo dục vẫn chưa đủ hấp dẫn.
Một số địa phương cũng còn tình trạng đề xuất thành lập KCN theo địa giới hành chính mà chưa bám sát lợi thế cạnh tranh, khả năng thu hút đầu tư hoặc hiệu quả sử dụng đất đai. Điều này dẫn đến tình trạng quy hoạch còn dàn trải, thiếu tính liên kết với quy hoạch hạ tầng xã hội, nguồn nhân lực và phát triển đô thị.
Ngoài ra, nhiều KCN hiện vẫn phát triển theo mô hình đa ngành, đa lĩnh vực với mục tiêu chủ yếu là tăng tỷ lệ lấp đầy diện tích đất, trong khi chưa hình thành được nhiều khu công nghiệp chuyên ngành hay các cụm liên kết ngành có giá trị gia tăng cao.
Kết quả kiểm toán cũng cho thấy hiệu quả sử dụng đất tại một số KCN chưa cao, vẫn còn tình trạng dự án chậm triển khai, được giao đất hoặc thuê đất nhưng không đưa vào sử dụng. Tỷ lệ lấp đầy tại một số khu còn thấp do gặp khó khăn trong việc thu hút nhà đầu tư thứ cấp.
Bên cạnh đó, hạ tầng kỹ thuật tại một số KCN chưa được đầu tư đồng bộ. Một số nhà đầu tư hạ tầng chưa thực hiện đầy đủ cam kết về tiến độ xây dựng hạ tầng hoặc điều chỉnh dự án nhiều lần. Hệ thống xử lý nước thải và quan trắc môi trường tại một số KCN còn thiếu hoặc hoạt động chưa hiệu quả.
Đời sống của người lao động trong KCN cũng đặt ra nhiều vấn đề cần quan tâm. Cơ chế khuyến khích đầu tư xây dựng nhà ở, công trình văn hóa, thể thao, cơ sở giáo dục mầm non phục vụ người lao động vẫn chưa đủ hấp dẫn. Nhiều địa phương chưa gắn quy hoạch khu công nghiệp với quy hoạch nhà ở và các công trình phúc lợi xã hội cho công nhân, ảnh hưởng đến sự phát triển bền vững của các KCN.
Trên cơ sở các phát hiện nêu trên, Kiểm toán Nhà nước đã kiến nghị Bộ Tài chính và các địa phương nghiêm túc rà soát, khắc phục những tồn tại, hạn chế trong việc thực hiện các chính sách ưu đãi đầu tư tại KKT, KCN.
Đồng thời, Kiểm toán Nhà nước cũng đề nghị tổng hợp các vướng mắc, bất cập trong cơ chế, chính sách để báo cáo Thủ tướng Chính phủ xem xét, chỉ đạo các bộ, ngành liên quan nghiên cứu sửa đổi, bổ sung, hoàn thiện khung pháp lý, qua đó nâng cao hiệu quả hoạt động và sức hấp dẫn của các KKT, KCN trong thời gian tới.