Ngày 31/8/2017, cơ quan Cảnh sát điều tra, bộ Công an đã tống đạt quyết định khởi tố bị can đối với ông Ninh Văn Quỳnh (Phó Tổng Giám đốc PVN, nguyên Kế toán trưởng PVN). Ông Quỳnh là người có quyền lợi và nghĩa vụ liên quan trong vụ án PVN “mất trắng” 800 tỷ đồng đầu tư tại OceanBank cũng trong giai đoạn 2010 – 2013.
Cùng với ông Ninh Văn Quỳnh, một loạt cựu sếp của PVN cũng bị khởi tố, bị bắt và cấm đi khởi nơi cư trú gồm ông Nguyễn Xuân Thắng, nguyên Thành viên Hội đồng thành viên PVN; ông Nguyễn Thanh Liêm, nguyên Thành viên Hội đồng thành viên PVN; ông Vũ Khánh Trường, nguyên Ủy viên Hội đồng quản trị PVN cùng bị khởi tố, cấm đi khỏi nơi cư trú.
Chiều 26/9, cơ quan điều tra tiếp tục khởi tố bị can, bắt tạm giam đối với ông Lê Đình Mậu, Kế toán trưởng tập đoàn Dầu khí Việt Nam (PVN).
Ngoài ông Mậu, ba bị can khác gồm: Ông Vũ Hồng Chương, nguyên Trưởng ban Quản lý dự án điện lực dầu khí Thái Bình 2 thuộc PVN; ông Trần Văn Nguyên, Kế toán trưởng Ban Quản lý dự án điện lực dầu khí Thái Bình 2 và Nguyễn Ngọc, nguyên Phó chủ tịch Hội đồng quản trị Tổng công ty Cổ phần xây lắp dầu khí Việt Nam (PVC) cũng nhận lệnh khởi tố và khám xét nhà riêng.
Các sai phạm của ông Lê Đình Mậu và ba bị can liên quan đến dự án Nhà máy Nhiệt điện Thái Bình 2 có tổng mức đầu tư 1,7 tỷ USD.
Trong một thời gian ngắn, PVN đã phải đối mặt với hàng loạt thông tin tiêu cực liên quan đến các vụ đại án OceanBank và vụ Trịnh Xuân Thanh. Phản ứng của tập đoàn Nhà nước trước các thông tin đều giống nhau, khẳng định chỉ là sai phạm cá nhân, đã đình chỉ chức vụ của những người đương nhiệm và cố gắng đảm bảo mọi hoạt động sản xuất kinh doanh diễn ra bình thường.
Trong tâm thư gửi tới người lao động trước đó, Tổng Giám đốc Nguyễn Vũ Trường Sơn tâm sự, PVN mong muốn nhận được "sự cảm thông" từ dư luận trước những khó khăn khách quan, chủ quan mà tập đoàn này đang gặp phải thời gian qua. Ông Sơn cũng kêu gọi toàn thể cán bộ ngành dầu khí "vững vàng ý chí, nêu cao tinh thần trách nhiệm".
“Trước nay, chúng ta đã đoàn kết thì nay càng phải đoàn kết hơn nữa. Chúng ta đã cố gắng thì nay càng cần cố gắng thêm nữa. Chỉ có như vậy thì chúng ta mới đứng vững và phát triển”, bức thư gửi người lao động của lãnh đạo PVN viết.
Cho đến nay, ban điều hành của PVN còn 7 người do ông Nguyễn Vũ Trường Sơn làm Tổng Giám đốc, tên của ông Ninh Văn Quỳnh đã bị xóa khỏi danh sách. Các Phó Tổng giám đốc còn lại gồm ông Nguyễn Hùng Dũng (nhậm chức từ tháng 4/2013), ông Lê Mạnh Hùng (nhậm chức tháng 10/2013), ông Nguyễn Sinh Khang (tháng 4/2010), ông Nguyễn Quỳnh Lâm (tháng 6/2016), ông Đỗ Chí Thanh (tháng 1/2015), ông Nguyễn Quốc Thập (tháng 7/2009).
Hội đồng thành viên PVN còn 6 người, khuyết vị trí Chủ tịch đã hơn nửa năm kể từ khi Thủ tướng quyết định cho ông Nguyễn Quốc Khánh thôi giữ chức Chủ tịch PVN để chuyển công tác về bộ Công Thương hồi tháng Ba vừa qua.
Hiện ông Nguyễn Vũ Trường Sơn được giao nhiệm vụ là thành viên phụ trách Hội đồng thành viên, các nhân sự còn lại là ông Phạm Xuân Cảnh, ông Phan Đình Đức, ông Đinh Văn Sơn, ông Phan Ngọc Trung và ông Nguyễn Tiến Vinh.