PGS.TS Lê Hải An bắt đầu làm việc tại đại học Mỏ - Địa chất từ tháng 12/1995 với vai trò trợ giảng bộ môn Địa Vật lý, khoa Dầu khí, rồi đến Phó Trưởng bộ môn Địa Vật lý, Phó Trưởng khoa Dầu khí, Trưởng khoa Dầu khí, Trưởng phòng Hợp tác quốc tế; Giám đốc Trung tâm nghiên cứu môi trường địa chất, Phó Hiệu trưởng trường đại học Mỏ - Địa chất.
Từ tháng 3/2014-11/2018, ông giữ chức Hiệu trưởng đại học Mỏ - Địa chất, Hà Nội. Từ tháng 11/2018 ông giữ chức Thứ trưởng bộ GD&ĐT. Tháng 2/2019, ông giữ chức Bí thư Đảng ủy bộ GD&ĐT.
Là Hiệu trưởng trẻ nhất của trường đại học Mỏ - Địa chất khi 43 tuổi, PGS.TS Lê Hải An đã ghi dấu ấn sâu đậm ở ngôi trường này. Đồng nghiệp, học trò đều nhắc tới một người quản lý tận tâm có trách nhiệm và thân thiện với mọi người.
Lễ viếng Thứ trưởng bộ GD&ĐT Lê Hải An chính thức bắt đầu vào 12h05, nhưng tập thể giảng viên và sinh viên trường đại học Mỏ - Địa chất đã có mặt tại sân nhà tang lễ từ sáng sớm, ai cũng bùi ngùi trong niềm tiếc thương vô hạn.