Theo tài liệu báo Người Đưa Tin có được, để thực hiện các hành vi phạm pháp, bị can Trần Khắc Hùng đã có hành vi thành lập Viện trực thuộc trường, và giảm tải các đơn vị này không lâu sau đó. Cuối năm 2017, Viện đào tạo liên tục của đại học Đông Đô được thành lập.
Các thành viên chủ chốt bao gồm: Trần Khắc Hùng, Chủ tịch Hội đồng quản trị kiêm Viện trưởng; Trần Kim Oanh – Phó viện Trưởng; Phạm Vân Thùy – Cán bộ… Viện Đào tạo liên tục có tiền thân là Khoa đào tạo liên tục, được thành lập vào cuối năm 2017 và bị giải tán vào tháng 3/2019.
Một đơn vị khác cũng được thành lập trong thời gian này là Viện Đào tạo 4.0, viện này ra đời 9/2018 và chỉ đến tháng 3/2019 là giải tán. Người đứng đầu viện Đào tạo 4.0 trong thời gian này là Lê Ngọc Hà.
Thời gian các Viện này hoạt động cũng là lúc trường đại học Đông Đô có tình trạng cấp văn bằng 2 tiếng Anh không qua thi cử, học tập. Được biết, chính ông Trần Khắc Hùng là người chỉ đạo các đầu mối thực hiện.
Trần Kim Oanh – Viện phó viện đào tạo liên tục, Lê Văn Hà – Viện trưởng viện 4.0 chỉ đạo các nhân viên cấp dưới là Phạm Vân Thùy, Phạm Thị Tân, Lê Thị Lương, Lê Thị Thanh Tâm thực hiện.
Ông Trần Ngọc Quang – Phó viện trưởng Đào tạo, Phó trưởng phòng đào tạo và quản lí sinh viên cũng được chỉ đạo kí xác nhận vào bảng điểm kết quả học tập từ tháng 5/2018 và kí nháy vào các văn bằng 2 Ngôn ngữ Anh từ tháng 5 đến tháng 10/2018 cho các học viên được cấp bằng.
Một bị can khác là ông Dương Văn Hòa, Hiệu trưởng đại học Đông Đô từ tháng 9/2017. Ông này có nhiệm vụ quản lí chỉ đạo điều hành chung các mảng công việc về tuyển sinh đào tạo nhân sự, kỉ luật công tác quản lí đào tạo các hệ của trường, kí văn bằng tốt nghiệp.
Trong thời gian ông Hòa là Hiệu trưởng thì đại học Đông Đô tuyển sinh đào tạo cấp văn bằng 2 Ngôn ngữ Anh và có tình trạng tuyển sinh, đào tạo, cấp văn bằng không đúng quy định, không qua tuyển sinh đào tạo, hợp thức bằng việc cho học viên chép hoàn thiện hơn 20 bài thi đầu vào và thi hết môn cũng như bài thi tốt nghiệp.
Đáng chú ý, ông Hòa còn đưa hồ sơ của vợ mình (Trần Thị Q.) cho nhân viên để thực hiện việc cấp văn bằng 2 chỉ trong 2 ngày. Hồ sơ của bà Q. không qua tuyển sinh đào tạo theo quy định.
Ngoài ra, theo thông tin PV Người Đưa Tin nắm được, trong quá trình xảy ra sai phạm tại trường đại học Đông Đô, bộ GD&ĐT đã tổ chức Kiểm tra và đã phát hiện thấy sai phạm.
Cụ thể, ngày 12/10/2018, một đoàn kiểm tra của bộ GD&ĐT gồm 5 thành viên đến từ vụ Tổ chức cán bộ; cục Cơ sở vật chất; vụ Kế hoạch – Tài chính; vụ Giáo dục Đại học đã đến làm việc tại đại học Đông Đô. Đoàn này xác định số lượng đào tạo đại học văn bằng 2 chính quy ở đại học Đông Đô là 323 sinh viên.
Điều đáng nói, không hiểu vì lý do gì mà sau đợt kiểm tra, đoàn cán bộ của bộ GD&ĐT không hề có động thái để dừng sai phạm này lại và thông báo tới cơ quan Công an.
Chỉ đến khi Bộ nhận được văn bản yêu cầu cung cấp thông tin thì ngày 19/4/2019, trong một văn bản do ông Phạm Như Nghệ, Phó Vụ trưởng vụ Giáo dục đại học, bộ GD&ĐT đã ký một văn bản khẳng định trường ĐH Đông Đô chưa được Bộ cho phép đào tạo văn bằng 2, hệ chính quy ngành ngôn ngữ Anh theo quyết định số 22- 2001 QĐ/BGDĐT ngày 26/6/2001 của Bộ trưởng bộ GD&ĐT.
ĐBQH Nguyễn Ngọc Phương, Ủy viên Ủy ban về các vấn đề xã hội của Quốc hội nhìn nhận:
"Tôi cho rằng, dư luận rất đồng tình ủng hộ khi cơ quan điều tra bộ Công an đã phát hiện ra và xử lý sai phạm trong việc trường đại học Đông Đô đào tạo, cấp văn bằng 2 không đúng quy định.
Trước hết, cần làm rõ tất cả những trường hợp cá nhân có liên quan đến sai phạm trên. Liên quan đến đâu thì phải xử lý đến đó. Kể cả giả sử phát hiện bộ GD&ĐT có những sai phạm hoặc Thanh tra Bộ có những sai phạm thì cũng cần phải xử lý sai phạm".