Liên quan đến vụ án tại Bộ Công Thương, ngoài sai phạm của nhóm cán bộ, lãnh đạo Bộ Công Thương, Tập đoàn Điện lực Việt Nam (EVN) còn có nhóm cán bộ tại Cục thuế tỉnh Bình Phước.
Xem thêm: Cán bộ Bộ Công Thương nhận 10 triệu đồng "cảm ơn", gây thiệt hại hơn 200 tỷ đồng
Cụ thể, khi nhà máy điện mặt trời Lộc Ninh 3 đi vào vận hành, ngày 11/12 đến ngày 18/12/2020, các cán bộ tại Cục thuế tỉnh Bình Phước gồm: Trần Văn Định - Trưởng Phòng Thanh tra - Kiểm tra 3, Phạm Quang Vinh - Phó Trưởng phòng Nghiệp vụ - Dự toán - Pháp chế, Nguyễn Duy Khánh - Phó Cục trưởng Cục thuế và Phan Văn Sang - công chức, được phân công thẩm định, đề xuất, ký Quyết định hoàn thuế VAT và Lệnh hoàn trả khoản thu ngân sách Nhà nước cho Công ty Lộc Ninh 3.

Nhóm cán bộ tại Cục thuế tỉnh Bình Phước bị cáo buộc ký Quyết định hoàn thuế và Lệnh hoàn trả khoản thu ngân sách Nhà nước trái với quy định. gây thiệt hại hơn 145 tỷ đồng.
Thế nhưng, trong quá trình thực hiện nhiệm vụ, quyền hạn được giao, Phan Văn Sang biết rõ Nhà máy điện mặt trời Lộc Ninh 3 được xây dựng không đủ điều kiện để được hoàn thuế VAT theo quy định của pháp luật.
Nhưng vì muốn tạo điều kiện không chính đáng cho Công ty Lộc Ninh 3 được hoàn thuế, nên Sang vẫn lập, ký Biên bản kiểm tra thuế, Phiếu đề xuất và Tờ trình Trần Văn Định phê duyệt, chuyển phòng pháp chế thẩm định rồi trình Nguyễn Duy Khánh ký Quyết định hoàn thuế và Lệnh hoàn trả khoản thu ngân sách Nhà nước cho Công ty Lộc Ninh 3 là trái với quy định của Bộ Tài chính.
Hành vi lợi dụng chức vụ, quyền hạn được giao, làm trái công vụ của bị can Phan Văn Sang đã dẫn đến hậu quả gây thiệt hại cho ngân sách Nhà nước số tiền hơn 145 tỷ đồng.
Trong khi đó, Trần Văn Định, Phạm Quang Vinh, Nguyễn Duy Khánh khi được Phan Văn Sang trình thẩm định, ký duyệt hồ sơ đã không thực hiện hết chức trách nhiệm vụ được giao, không kiểm tra tính pháp lý của dự án Nhà máy điện mặt trời Lộc Ninh 3 có đủ điều kiện được hoàn thuế hay không.
Từ đó, dẫn đến việc không phát hiện trong hồ sơ đề nghị hoàn thuế của Nhà máy điện mặt trời Lộc Ninh 3 không đảm bảo thủ tục pháp lý mà vẫn ký văn bản thẩm định, duyệt hồ sơ đề xuất, ký Quyết định hoàn thuế và Lệnh hoàn trả khoản thu ngân sách Nhà nước cho công ty.
Hành vi thiếu trách nhiệm của các bị can Trần Văn Định, Phạm Quang Vinh, Nguyễn Duy Khánh đã dẫn đến hậu quả gây thiệt hại cho ngân sách Nhà nước số tiền 145 tỷ đồng.
Đến nay, Công ty Lộc Ninh 3 đã nộp lại đầy đủ số tiền trên vào ngân sách Nhà nước.
3 công ty kinh doanh điện phải trả lại hơn 1.200 tỷ đồng
Về trách nhiệm dân sự, VKSND tối cao xác định các công ty kinh doanh điện được hưởng giá điện ưu đãi (so với giá thực tế) có trách nhiệm trả lại cho EVN.
Số tiền điện được EVN thanh toán chênh lệch lên tới hơn 1.200 tỷ đồng và các đơn vị được hưởng là không đúng quy định của pháp luật.
Cụ thể, số tiền chênh lệch được ENV thanh toán cho Công ty Cổ phần đầu tư năng lượng tái tạo Licogi 16 Ninh Thuận là trên 99 tỷ đồng.

Nhà máy điện mặt trời Trung Nam Thuận Nam được EVN thanh toán số tiền chênh lệch lên tới 944 tỷ đồng.
Dự án Nhà máy điện mặt trời Trung Nam Thuận Nam được EVN thanh toán số tiền chênh lệch là 944 tỷ đồng; số tiền chênh lệch Công ty Lộc Ninh được EVN thanh toán là 749 tỷ đồng.
"Theo quy định tại Điều 579, Điều 580 Bộ luật Dân sự, 3 doanh nghiệp nêu trên phải hoàn trả cho EVN số tiền đã được hưởng lợi không có căn cứ pháp luật", cáo trạng nêu.