Trung tâm Bảo vệ rừng và Di sản thế giới là đơn vị sự nghiệp công lập thuộc Ban Quản lý VQG PN-KB; chịu sự quản lý, lãnh đạo, chỉ đạo trực tiếp về tổ chức, vị trí việc làm, số lượng người làm việc và công tác của Ban Quản lý VQG PN-KB.
Lực lượng Kiểm lâm VQG Phong Nha-Kẻ Bàng tuần tra, bảo vệ rừng.
Trung tâm có tư cách pháp nhân, con dấu và tài khoản riêng tại Kho bạc Nhà nước và Ngân hàng, hoạt động theo loại hình đơn vị sự nghiệp công lập, thực hiện cơ chế tự chủ tài chính theo quy định của pháp luật.
Về cơ cấu tổ chức, lãnh đạo của Trung tâm có Giám đốc là người đứng đầu và các Phó Giám đốc, số lượng Phó Giám đốc thực hiện theo quy định pháp luật hiện hành. Về các phòng và tương đương thuộc Trung tâm, tổ chức lại cơ cấu tổ chức bên trong của Trung tâm từ 15 trạm, tổ, bộ phận thành 14 phòng, đội, trạm bảo vệ rừng. Số lượng người làm việc của Trung tâm khi thành lập là 129 biên chế sự nghiệp, hưởng lương từ ngân sách Nhà nước.
Ông Phạm Văn Tân, Hạt trưởng Hạt Kiểm lâm VQG PN-KB được giữ chức Giám đốc Trung tâm Bảo vệ rừng và Di sản thế giới.
