Cụ thể, kết luận thanh tra cho rằng, bộ GTVT với vai trò, trách nhiệm quản lý Nhà nước về lĩnh vực giao thông, vận tải, là cơ quan đại diện chủ sở hữu nhà nước đối với Vinalines nhưng chưa làm đúng chức năng, nhiệm vụ, đã có những vi phạm sau:
Việc bộ GTVT đề nghị Thủ tướng Chính phủ cho phép cổ phần hóa cảng Quy Nhơn, Nhà nước nắm giữ 49% vốn điều lệ (tại Văn bản số 2900/BGTVT-QLNN ngày 04/4/2013) sau đó, lại tiếp tục đề nghị Thủ tướng cho phép Vinalines chuyển nhượng hết 49% vốn điều lệ tại công ty CP Cảng Quy Nhơn (tại Văn bản số 2342/BGTVT-QLDN ngày 07/3/2014, số 9210/BGTVT-QLDN ngày 05/9/2014) là không đúng với đề án tái cơ cấu Vinalines giai đoạn 2012-2015, đã được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt tại Quyết định số 276/QĐ-TTg ngày 04/02/2013, trong đó, cổ phần hóa Cảng Quy Nhơn, Nhà nước nắm giữ 75% vốn điều lệ.
Khi đề xuất chuyển nhượng hết 49% vốn Nhà nước tại công ty CP Cảng Quy Nhơn, dù Văn phòng Chính phủ có Văn bản số 2388/VPCP-ĐMDN ngày 22/4/2014 đề nghị bộ GTVT bổ sung, giải trình những nội dung quan trọng mà bộ Tài chính, bộ Kế hoạch và Đầu tư đã đặt ra về kinh tế - an ninh - quốc phòng hiện tại và lâu dài cần phải được làm rõ khi đề nghị Thủ tướng Chính phủ cho bán hết 49% vốn nhà nước.
Mặc dù, Vinalines đã có Văn bản số 1874/HHVN-TC&QLVG ngày 02/6/2014 gửi bộ GTVT báo cáo, đánh giá về vai trò, tiềm năng của cảng Quy Nhơn, lợi ích hiện tại và lâu dài của việc sở hữu 49% vốn so với việc bán hết và đề nghị được duy trì tỷ lệ sở hữu 49% vốn điều lệ tại công ty CP Cảng Quy Nhơn, nhưng bộ GTVT đã không xem xét, đánh giá toàn diện những nội dung bộ Tài chính, bộ Kế hoạch Đầu tư và Vinalines đã nêu mà tiếp tục có Văn bản số 9210/BGTVT-QLDN ngày 05/9/2014 đề nghị Thủ tướng Chính phủ cho bán hết 49% vốn nhà nước tại công ty CP Cảng Quy Nhơn là thiếu căn cứ pháp lý, cơ sở thực tiễn, chưa thực hiện đầy đủ vai trò, trách nhiệm của cơ quan quản lý nhà nước về ngành, lĩnh vực và đại diện chủ sở hữu đối với Vinalines.
Ngoài ra, bộ GTVT chỉ đạo Vinalines về phương thức chuyển nhượng vốn Nhà nước tại công ty CP Cảng Quy Nhơn không rõ ràng, thiếu nhất quán, ban đầu chỉ đạo bán đấu giá qua sở giao dịch chứng khoán, nhưng sau đó lại cho phép Vinalines bán cổ phần theo phương thức thỏa thuận trực tiếp.
Đáng chú ý là việc bộ GTVT đã ban hành 02 văn bản: Văn bản số 16937/BGTVT-QLDN ngày 27/12/2014 về chuyển nhượng 26,01% cổ phần và Văn bản số 6327/BGTVT-QLDN ngày 20/5/2015 về chuyển nhượng 49% cổ phần tại công ty CP Cảng Quy Nhơn cho công ty Hợp Thành theo phương thức thỏa thuận trực tiếp khi không báo cáo, chưa được Thủ tướng Chính phủ cho phép là trái thẩm quyền. Việc này đã vi phạm Điểm c Khoản 1 Điều 30 Nghị định số 71/2013/NĐ-CP ngày 11/7/2013 của Chính phủ về đầu tư vốn vào doanh nghiệp và quản lý tài chính đối với doanh nghiệp do Nhà nước nắm giữ 100% vốn điều lệ; vi phạm Điểm a Khoản 2 Điều 11, Điểm b Khoản 2 Điều 8 Thông tư số 220/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của bộ Tài chính hướng dẫn thực hiện một số điều của Nghị định số 71/2013/NĐ-CP. Vì vậy, 02 văn bản này phải được xem xét, hủy bỏ; 75,01% cổ phần Vinalines đã chuyển nhượng cho công ty Hợp Thành phải được xử lý thu hồi về sở hữu Nhà nước. Trách nhiệm thuộc về tập thể, lãnh đạo và cá nhân có liên quan của bộ GTVT...
Ngay sau khi thanh tra Chính phủ có kết luận số 1566/KL-TTCP về việc thanh tra lại quá trình cổ phần hóa cảng Quy Nhơn (tỉnh Bình Định), Phó Thủ tướng Thường trực Trương Hòa Bình đã có chỉ đạo tới các đơn vị liên quan thực hiện nghiêm kết luận trên.
Cụ thể, Phó Thủ tướng đồng ý với kết luận thanh tra mà thanh tra Chính phủ đã công bố trước đó về những nội dung phản ánh liên quan tới việc cổ phần hóa cảng Quy Nhơn (Bình Định).
Đồng thời, giao bộ GTVT, bộ Tài chính, bộ KHĐT, Văn phòng Chính phủ, UBND tỉnh Bình Định và các cơ quan liên quan tổ chức nghiêm chỉnh thực hiện các nội dung kiến nghị của thanh tra Chính phủ.
Ngoài ra, Phó Thủ tướng Trương Hòa Bình tiếp tục giao thanh tra Chính phủ theo dõi, đôn đốc, kiểm tra việc xử lý sau thanh tra của các Bộ, ngành liên quan và có tổng hợp kết quả, báo cáo Thủ tướng Chính phủ trong tháng 12/2018.
Thế Anh